Bioinformatikai kereső algoritmusok hatékony megvalósítása

OData támogatás
Konzulens:
Dr. Benyó Balázs István
Irányítástechnika és Informatika Tanszék

A bioinformatikai feladatok megoldásához különböző gén és fehérje szekvencia adatbázisok szükségesek, mely adatbázisok mérete a technológia fejlődésével rohamosan növekszik. A nagyobb adatbázisok lehetőséget biztosítanak a biológiai folyamatok mélyebb és részletesebb megismerésére. Azonban a bioinformatikában használt algoritmusok futtatása a megnövekedett adathalmazokon lényegesen hosszabb ideig tart. Az informatika számos módszert használ informatikai alkalmazások futási idejének csökkentésére. Az algoritmusok megvalósítására használt számítógépes környezetek számítási kapacitása ma tág teret ad e módszerek alkalmazására a bioinformatikai feladatok hatékony megvalósítása során. A szakdolgozat témája annak vizsgálata, hogy a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem szuperszámítógépén (SUPERMAN) alkalmazható párhuzamos programozási lehetőségeket hogyan lehet alkalmazni bioinformatikai feladatok megvalósítása során.

A szakdolgozat röviden bemutatja a gyakran használt bioinformatikai feladatokat, a párhuzamos programozási architektúrákat és paradigmákat, néhány jellemző, a feladatok megoldására használt különböző algoritmust, majd bemutatja ezek párhuzamos változatát, végül a különböző hardver környezetben történt futtatásaik eredményét.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.