Biokémiai folyamatok gráf alapú modellezése

OData támogatás
Konzulens:
Szárnyas Gábor
Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék

Az utóbbi évtizedekben a biokémiai kutatások területén is kezdett elterjedni az informatikai megoldások használata. Az egyes modelleket informatikai rendszerekben kezdték szimulálni, hogy ne csak a fizikai mérések elvégzésével lehessen következtetéseket levonni a rendszer működéséről.

Azonban az adatok tárolására és feldolgozására még nem adottak egységes és hatékony eszközök. Az adatok eltérő formátumban, nagy mennyiségben állnak rendelkezésre, és a megszokottól más szemléletet, más gondolkodásmódot igényel a feldolgozásuk. Ezeknek az adatoknak a tárolása és feldolgozása új informatikai kihívásokat jelent.

A dolgozatom célja egy molekulákat és molekulák közötti interakciókat leíró modell adatainak feldolgozása és az interakciók szimulációja. Az adatok hatékony gráfadatbázisba szervezése, az interakciók gráftranszformációkká való leképzése. A szimulációk teljesítményének és helyességének vizsgálata.

A dolgozatomban a biokémiai modellt leképeztem egy gráfadatbázisba, ahol végre tudom hajtani a modellben megadott kémiai reakcióknak megfelelő transzformációkat. A transzformációs lépéseket szimuláltam. A transzformációknak a teljesítményét kimértem és a szimuláció helyességét méréssel ellenőriztem.

A gráfadatbázis nem csak a transzformációk eredményeinek vizualizációját teszi lehetővé, de magának az adatbázisnak is. Az egyes molekulák jól reprezentálhatók, az egyes transzformációk eredménye az adatbázisban is megjelenik. Ezáltal a transzformációk könnyen tesztelhetővé vállnak. Olyan kémiai reakciók is leírhatók, amik a BioNetGen biokémiai modelljében nem definiálható, a gráfadatbázis lekérdező nyelvének nagyobb kifejező ereje miatt.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.