Biológiai szimulációs eredmények leképezése fenotípusokra

OData támogatás
Konzulens:
Dr. Antal Péter
Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék

Bizonyos biológiai modelleknél, mint a sejten belüli jelátviteli hálózatok modelljei,

felmerül az a probléma, hogy a modell belső állapotát nem triviális leképezni a

biológiai kísérletekben látható fenotípusokra. A Turbine Kft. által használt hálózat

esetében is azt gyanítottuk, hogy ilyen jellegű probléma ronthatja a pontosságot. A

kimenet kiértékelésére eddig egy kézzel beállított elemző algoritmust használtunk. A

hálózat kimenetét egy rekurrens neurális háló segítségével illesztettem össze

in vitro kísérletek eredményeivel. A neurális háló tanítása közepes eredménnyel sikerült. Bár

a megjósolt kísérleti eredmények korrelációja megközelítette az eddigi algoritmusét,

azt nem érte el. A neurális háló által megtanult súlyokat interpretáltam génonto-

lógiai elemzés segítségével. Az interpretáció alapján a neurális háló megtalálta a

legtöbb fontos állapotváltozót a modellben, viszont nem sikerült felderítenie az azok

közötti időbeli viszonyokat. Ennek ellenére az eredmény ígéretes, a neurális háló to-

vábbfejlesztésével valószínűsíthetően az eddigi algoritmusnál jobb pontosság érhető

el.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.