Fehérje funkcióváltozását prediktáló eljárások felhasználása hálózatdinamikai szimulációban

OData támogatás
Konzulens:
Dr. Antal Péter
Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék

A szakdolgozat célkitűzése egy olyan algoritmus kidolgozása és validálása, mely alkalmas a genetikai mutációk fehérje szintű hatásának predikciójára, és hálózatdinamikai szimuláció részét képezve tovább segíteni a genomikai adatok jelátvitel szintű megértését. Cél, hogy publikus adatbázisokban (pl. COSMIC) elérhető genomikai adatokat felhasználva a hallgató az elérhető fehérje funkcióváltozást prediktáló eszközöket (pl. PolyPhen-2) összegyűjtse, összehasonlítása, illetve ezek konszenzushoz hasonlítással való validálására és folyamatos frissítésére automatizációt készítsen. Az így kapott eredmények segíthetnek, hogy az elérhető eszközöket a feladathoz illeszkedve rangsoroljuk, és a megfelelő eszközzel, vagy azok kombinációjával prediktáljuk a funkcionális hatásokat. A rendszer működését egy konkrét sejtvonal in silico modelljén vizsgálva a hallgató bemutatja, hogy az egyes eszközök predikciói külön-külön, illetve kombinációban alkalmazva mennyiben befolyásolják a sejtszintű jelátvitelt, ezzel is alátámasztva a módszer finomításának létjogosultságát.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.