Fluoreszcencia rezonancia energiatranszfer számolását lehetővé tevő szoftver kifejlesztése áramlási citometriával nyert adatok elemzéséhez

OData támogatás
Konzulens:
Dr. Szlávecz Ákos
Irányítástechnika és Informatika Tanszék

A fluoreszcencia rezonancia energiatranszfer (FRET) egy távolságfüggő kölcsönhatás két fluoreszcens molekula között, amely során sugárzás nélkül gerjesztés tevődik át a donortól az akceptorra. A gerjesztett akceptor molekula relaxációja közben fotonokat emittálhat, amely áramlási citometriával detektálható.

Célul tűztük ki egy korábban az Orvosi Képalkotó Intézetben Matlab környezetben kidolgozott és un. FCS formátumú áramlási citometriai fájlok egyszerűbb elemzését lehetővé tevő program továbbfejlesztését. Az eredeti szoftver elemi feldolgozási lehetőségeket (1D és 2D hisztogram megjelenítés, populáció-szűrés 2D hisztogram alapján, átlag, ill. szórás számolás) kínált a felhasználónak.

Bővítése kiterjedt az 1D és 2D „region of interest” (ROI) rajzolás fejlesztésére, az ábrázolási beállítások módosítására alkalmas felület kialakítására, valamint a Microsoft Excel táblázatkezelővel való összekapcsolására, így könnyedén adatok olvashatók be, ill. exportálhatók xls formátumban. A hibátlan működés érdekében az új funkciók folyamatos tesztelést igényeltek.

Ezeken túl munkánk eredményeként az FCS fájlok adatsoraiból új paramétereket definiálhatunk és származtathatunk. Az ehhez létrehozott képlettár tartalmazza a FRET kiértékeléshez szükséges formulákat. Használatával - és az implementált képlet-értelmezővel - megkaphatjuk az energiatranszfer értékét, ill. az összes szükséges kapcsolódó adatot (un. S faktorok, akceptor és donor jelölési értékek). A képlettár tetszőlegesen bővíthető a Matlabban elérhető műveletek és függvények segítségével, így a fluoreszencia spektroszkópiában létező bármely összetett kiértékelés kivitelezhető. A program számolási pontosságát összevetettük egy jelenleg is alkalmazásban lévő másik áramlási citometriai feldolgozó szoftverrel, az un. Reflex programmal. Az eredmények programunk megbízhatóságát támasztják alá.

Az általunk fejlesztett szoftver immár lehetővé teszi a felhasználó számára a speciális FRET mérés adatainak feldolgozását, mellyel pontos információkat nyerhetünk molekuláris távolságokról és proximitás-viszonyokról sejtes rendszereken. Az ilyen típusú kiértékelések ma már elengedhetetlennek bizonyulnak az orvos-biológiai kutatások és a diagnosztika területén.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.