Genetikai variánsok hatásának vizsgálata parlagfű allergiában komplex fenotípusok felhasználásával

OData támogatás
Konzulens:
Dr. Antal Péter
Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék

Összefoglaló

A diplomaterv célja az allergén-specifikus immunterápiában (ASIT) résztvevő, parlagfű allergiában szenvedő egyének teljes genomi szélességű asszociációs vizsgálatából (genome-wide association study, GWAS) származó adatainak az elemzése, a betegséggel, illetve az ASIT-al asszociált variánsok keresése és mindezek elérése érdekében különböző statisztikai programok megismerése és használata volt.

Tanulmányoztam a témához kapcsolódó szakirodalmat, genetikai adatbázisokat, valamint az alapvető statisztikai eszközöket és módszereket, emellett pedig az ASIT alkalmazását és a szorosan kapcsolódó, immunrendszerben lejátszódó mechanizmusokat az emberi szervezetben.

Előzetes genetikai adatok felhasználásával genetikai asszociációs vizsgálatot végeztem, mely során a GWAS adatokat a Variant analyser nevű, a BME-MIT tanszékén fejlesztett program segítségével szűrtem 37 génre, így 467 variáns kapcsoltságát és asszociációját vizsgáltam részletesen. A genetikai asszociációs (genetic association studies, GAS) elemzések alapján a DEXI gén egy variánsa, SNP-je (single nucleotide polymorphism) rendelkezett nominálisan szignifikáns p-értékkel, (p-érték<0.05) de ez a többszörös hipotézis tesztelés miatt a nem korrigált p-érték nem számít genomi szélességben szignifikáns eredménynek. A GAS elemzés eredményeit is felhasználva fenotípusos modelleket építettem a BayesEye programmal, majd mesterséges adatgenerálást végeztem genetikai kapcsoltsági modellek felhasználásával.

A PLINK program segítségével minőségi szűrést, majd asszociációs teszteket végeztem a 22 autoszómális kromoszóma variánsaira vonatkozóan. Ennek eredményeként két SNP adódott genomi szélességben is szignifikáns Bonferroni p-értékű találatnak, de az előzetes gén információ és az útvonalelemzés alapján nem mondhatjuk ki egyértelműen, hogy közvetlenül szerepet játszanak az ASIT-ban. Továbbá több olyan variáns is adódott, melyek az immunfolyamatokhoz kapcsolódó génekhez tartoztak, de genomi szélességben nem rendelkeztek szignifikáns p-értékkel. Az asszociációs elemzés eredményeit egy online útvonalelemzéshez használható Webgestalt nevű eszközön is megvizsgáltam, az egyes variánsok biológiai útvonalakhoz és génekhez tartozó kontextusának feltárása érdekében.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.