Génszabályozási Bayes-hálózatok automatikus származtatása útvonal adatbázisokból

OData támogatás
Konzulens:
Dr. Antal Péter
Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék

Az élettani tudományok terén a közelmúltban végbement méréstechnikai fejlődésnek köszönhetően egyre növekvő mennyiségben állnak rendelkezésre molekuláris szintű útvonal adatbázisok, részletes információk génregulációs mechanizmusokról, fehérje-fehérje hálózatokról, gén-betegség hálózatokról, valamint genetikai és epigenetikai variációkról. A génszabályozási hálózatok kulcsfontosságú szereplői ezen ismereteknek, amelyeknek feldolgozása és értelmezése korántsem triviális és egyszerű feladat.

Kutatásom elsősorban a génszabályozási hálózatok valószínűségi hálós értelmezésére és könnyebb feldolgozhatóságára fókuszál. Áttekintem a különböző nyilvánosan elérhető útvonal adatbázisokból letölthető útvonalak Bayes-hálóként reprezentálhatóságát. Bemutatom továbbá a Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) adatbázisa alapján az útvonalak néhány feldolgozási lehetőséget, a génszabályozási útvonalak különböző modellezhetőségeit, a valószínűségi hálóba transzformálás lehetőségeit és korlátait. A modellezés megvalósítását a Méréstechnikai és Információs Rendszerek tanszéken fejlesztett BayesCube szoftverben valósítom meg. Megvizsgálom az eredményül kapott valószínűségi hálókban a következtetési és releváns részgráf kiemelési lehetőségeket. Kitérek dolgozatomban a bioinformatika ezen területén napjainkban használt technológiáira, végezetül a kutatás folytatási lehetőségeit is megemlítem.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.