Short-read illesztés FPGA megvalósításának vizsgálata

OData támogatás
Konzulens:
Szántó Péter
Méréstechnika és Információs Rendszerek Tanszék

A nagy áteresztőképességű DNS szekvenáló eljárások fejlődése az utóbbi években soha nem látott lendületet vett, amely a biológiai adatok exponenciális növekedéséhez vezetett. Sorra jelennek meg az olcsóbb, pontosabb és hatékonyabb eljárások és az ezeket felhasználó szoftver eszközök a piacon.

A beolvasott genetikai információt a magasabb absztrakciós szintű elemzések előtt előfeldolgozásnak kell alávetni, amely az adathalmazok elemeinek egymáshoz hasonlítását jelenti.

A diplomamunkám egy elő feldolgozási lépésre, az úgynevezett short-read illesztésre ad egy gyorsítási lehetőséget, amelynek célja, hogy egy referencia genomban megtaláljuk rövid szekvencia szakaszok valószínűsíthető pozícióját.

Diplomamunkámban gyors áttekintést nyújtok a piacon elérhető short-read szekvenáló berendezésekről és az általuk generált adatot feldolgozó szoftverkomponensekről, javaslatot teszek egy PC-hez illeszthető gyorsítókártya architektúrára, majd ismertetem a rendszertervét. Végül összehasonlítom az eredményeket egy PC-s, tisztán szoftveres eljárás sebességével.

Letölthető fájlok

A témához tartozó fájlokat csak bejelentkezett felhasználók tölthetik le.